Vétéran de la guerre du Vietnam, l'ancien marine et tireur d'élite Bob Lee Swagger coule une retraite paisible dans l'Idaho lorsqu'il reçoit la visite de Philip Yano, un Japonais porteur d'une étrange requête. En 1945, lors de la sanglante bataille d'Iwo Jima, leurs pères respectifs, soldats dans des camps opposés, se sont affrontés. C'est le major Earl Swagger qui a vaincu le capitaine Yano. Philip Yano cherche aujourd'hui à retrouver le sabre de son père, afin d'honorer sa mémoire. Touché par cette demande, Bob Lee décide de l'aider.
Il ignore encore que cette quête le conduira jusqu'au Japon, où le mystérieux sabre est l'objet de toutes les convoitises. En particulier celle du Shogun, maître du marché de la pornographie nippone et chef d'un gang de yakuzas ultranationalistes. C'est le début d'une plongée dans les bas-fonds de Tokyo, son monde du crime gouverné par des codes anciens, où politiciens corrompus et tueurs impitoyables, pétris de l'esprit des samouraïs, se partagent argent, sexe et pouvoir. Un monde fermé dans lequel le gaijin Bob Lee Swagger ne pourra s'immiscer qu'en adoptant la même arme que ses adversaires : la voie du sabre.
Hommage aux grands maîtres du cinéma japonais, Le 47 e Samouraï est un véritable tour de force, qui réussit avec brio la synthèse entre le film de samouraï et le thriller américain.