Le navire interstellaire terra, animé par une intelligence artificielle Nef, créée par ses passagers dans Destination : vide et devenue un dieu cruel, a été projeté par elle à l'autre bout de l'univers. Il orbite désormais autour de la planète Pandore, hostile aux humains. Morgan Oakes se donne un but : conquérir à tout prix Pandore en sacrifiant des clones humains, y construire une forteresse et, de là, détruire Nef. Flatterie, le psychtiatre-aumônier qui a contribué à la naissance de Nef, veut, lui, sauver l'humanité et la compassion. Si Nef le veut.

L'incident Jésus est le deuxième volet du cycle du Programme Conscience, qui comprend également Destination : vide, L'Effet Lazare et Le Facteur Ascension