Alors qu'il assiste à une série de conférences à Londres, Jonathan Smith, médecin militaire et chercheur à l'Institut de recherche médicale pour les maladies infectieuses de l'armée américaine, apprend que sa fiancée Sophia est appelée en pleine nuit à son laboratoire : trois décès brutaux causés par un virus inconnu se sont produits à travers les États-Unis. Jon rentre et assiste, impuissant, à l'agonie de sa fiancée, victime à son tour du mystérieux virus. Malgré les conclusions des médecins, il reste persuadé qu'elle a été assassinée. Au cours de l'enquête clandestine qu'il décide de mener, Jon fera appel à d'anciens amis : Marty Zellerbach, génie de l'informatique, et Peter Howell, ancien des services spéciaux. Le Dr Jonathan Smith et son “commando de l'ombre” sont persuadés qu'un homme possède le virus et s'en sert pour déclencher une pandémie. Dans quel but ? Ils approchent peu à peu de l'insoutenable vérité...